Ruas tol Jombang-Mojokerto memiliki tiga gerbang tol, yakni gerbang tol Bandar (KM 671+750), gerbang tol Jombang (KM 687+250), dan gerbang tol Mojokerto Barat (KM 707+250). Dilengkapi dengan 15 gardu transaksi yang selalu siap melayani pengguna jalan dengan sistem tertutup, yaitu pengguna jalan masuk gerbang tol dengan menyentuhkan uang elektronik pada mesin pembaca dan keluar dengan uang elektronik yang sama.
Ruas tol Jombang-Mojokerto juga berbatasan dengan ruas tol Surabaya – Mojokerto (KM 712+250) yang dikelola oleh PT Jasamarga Surabaya Mojokerto (JSM) dan ruas Ngawi – Kertosono (KM 671+750) yang dikelola oleh PT Jasamarga Ngawi Kertosono Kediri (JNK).
Gerbang tol dibangun dengan bentuk segitiga berundak yang terinpirasi oleh bangunan candi yang merupakan situs budaya di Kabupaten Mojokerto dan Jombang.
